„Mokykla yra tokia, koks yra mokytojas. Ši iš senovės atėjusi frazė gyva ir šiandien. Tačiau šių dienų mokytojui skiria kitus vaidmenis. Tikiu, kad kiekvienas žmogus pats žino, kas jam geriausia. Kur bebūtum, į kokią visuomenės dykynę patektum, turi susikurti kad ir mažą, bet žydinčią oazę.”

Mokyklos direktorė Regina Arbatauskienė

Mokyklos istorija

1996-ieji… Laikmetis mokyklos kūrimuisi – nedėkingas. Ekonominė krizė, apėmusi šalies ūkį, palietė ir mokyklas. Direktorius Andrius Meinorius intensyviai ieškojo rėmėjų, kurių padedami rugsėjo 1-ąją pasitikome perdažytomis koridorių sienomis, suremontuotais kai kuriais kabinetais. Rugpjūčio pabaigoje mokykloje darbai virte virė: buvo priimami nauji mokiniai, mokytojai, planuojamas ugdymo procesas, komplektuojamos klasės.
1996–1997 m. m. mokykloje mokėsi 919 mokinių, sudaryti 37 klasių komplektai, dirbo 53 mokytojai. Mokyklos pedagoginė bendruomenė buvo jauna, amžiaus vidurkis siekė apie 32 metus. Direktoriaus pavaduotojomis dirbo Adelė Staigvilienė, Jovyta Poškuvienė, Judita Galminienė
Prieš dvidešimt metų buvo įkurta ir mokyklos biblioteka. Pirmoji bibliotekos darbuotoja buvo Dalia Gabdrachmanovienė. Nuo 1997 metų mokyklos bibliotekininke dirba Rima Maneikytė. Bibliotekos knygų fondą sudarė „Liepaitės” pradinės mokyklos knygos, skirtos 1–4 klasėms. Bibliotekos turtinimui administracija nuolat skiria lėšų, todėl knygų fondas nuolat atnaujinamas naujausia literatūra, visi mokyklos mokiniai aprūpinami vadovėliais.
2001 metais mokyklos bibliotekai persikėlus į erdvesnes patalpas, atsirado galimybė įkurti ir skaityklą, kurioje dirba antroji bibliotekos darbuotoja Loreta Bergmanienė.
Pirmieji darbo metai buvo kolektyvo formavimo ir jo pažinimo metai. Pedagoginei metodinei veiklai organizuoti mokykloje išrinkta metodinė taryba, kurios uždavinys buvo siekti kokybiško ugdymo proceso.
Įsijungėme į tarptautinį gamtosauginį projektą „Darbotvarkė-21”, mokėmės subalansuotos plėtros idėjas integruoti  ugdymo procese, pradėjome vesti atviras integruotas pamokas ir seminarus ne tik savo mokyklos, bet ir rajono mokytojams. Metodinė taryba kasmet organizuoja pokalbius prie apvalaus stalo, kuriuose dalyvauja mokytojai, mokiniai, tėvai: „Ar mokykla – mano antrieji namai”, „Mokytojas – mokinių akimis”. Norėdami geriau pažinti vieni kitus dalijomės įvairiomis patirtimis. Įsimintini pokalbiai: „Mano hobi”, „Knyga mano gyvenime”, „Ar darbe jaučiuos laimingas (-a)?” Šiuos pokalbius prie apvalaus stalo organizavo ir vedė kasmet vis kita metodinė grupė.
 1999 metais, siekiant išsaugoti paveldą, mokyklos bendruomenės sprendimu mokyklai buvo suteiktas Kalnėnų vidurinės mokyklos vardas.
Kadangi mokykla buvo ,,priauganti“, kolektyvą papildydavo vis nauji žmonės, mokytojų kaita buvo didelė. Nuo pat pirmųjų darbo metų mokytojai kėlė savo kvalifikaciją seminaruose, kursuose. Kasmet 6–7 mokytojai įgydavo aukštesnę kvalifikacinę kategoriją.
2000 m. mokėsi 1038 mokiniai: 16 komplektų 1–4 klasių ir 27 komplektai 5–12 klasių. Išleista pirmoji abiturientų laida.
Plėtojosi ir neformaliojo švietimo veiklos. Formavosi mokyklos tradicijos, kasmet buvo organizuojamos mokytojų dienos šventės, kalėdiniai karnavalai, šimtadieniai, penktokų ir vienuoliktokų krikštynos, paskutinio skambučio ir išleistuvių šventės. Kartu su mokiniais aktyviai renginiuose dalyvavo ir mokytojai.
2006 m. mokykla šventė pirmąjį darbo dešimtmetį.

MOKYKLA 2007–2019

2007 metų pavasarį mokyklai pradeda vadovauti direktorė Regina Arbatauskienė, kartu su ja dirba pavaduotojos Adelė Staigvilienė, Violeta Langienė, Rima Daugnorienė. 2010 metais prasidėjo naujas mokyklos gyvavimo etapas – išleidžiama paskutinioji abiturientų laida, mokykla tapo pagrindine. Per devynerius metus mokyklos kolektyvas, vadovaujamas sumanios, darbščios, talentingos direktorės pasiekė puikių laimėjimų: mokykla renovuota, estetiškai sutvarkytos edukacinės erdvės, užmegzti ryšiai su įvairiomis respublikos mokyklomis, mokykla tapo Iniciatyvių mokyklų klubo nare, Pagrindinių mokyklų asociacijos nare.
Bendruomenė išsikėlė tikslą – mokyklos veiklos kokybės gerinimas. Kolektyvo veikla pakilo į aukštesnį lygmenį: gerėja ugdymo kokybė ir mokinių pažangumas. Per pastaruosius metus rajono ir respublikos olimpiadose užimamos prizinės vietos. Mokiniai gerai paruošiami mokymuisi gimnazijose, dalyvauja tarptautiniuose projektuose, mokosi puikiai įrengtuose, informacinėmis technologijomis aprūpintuose kabinetuose.
Didelis dėmesys skiriamas visiems mokiniams: gabiems, turintiems specialiųjų ugdymosi poreikių. Siekiama, kad kiekvienas mokinys galėtų patirti mokymosi sėkmę.
Didelis dėmesys skiriamas pedagogų kompetencijoms kelti. Kasmet organizuojami kursai, seminarai, kuriuose kiekvienas randa sau reikalingų naujovių. Rengiamos konferencijos, kuriose mokytojai veda atviras pamokas, skaito pranešimus, dalijasi savo patirtimi su rajono ir respublikos mokytojais.
2012 metais mokinių saugumui užtikrinti įdiegta elektroninė praėjimo kontrolės sistema, susieta su elektroniniu MANO dienynu.
Mokykloje aktyvi neformaliojo švietimo veikla: suformuotos mokyklos tradicijos, kasmet organizuojami  koncertai bendruomenei, mokiniai dalyvauja įvairiuose būreliuose, įsteigta mokinių atstovybė, kuriai vadovauja renkamas mokyklos prezidentas. Mokiniai ne tik leidžia laiką įvairioje popamokinėje veikloje, bet kartu su būrelių vadovais dalyvauja rajoniniuose, respublikiniuose ir net tarptautiniuose konkursuose, renginiuose bei olimpiadose.
Per 20 mokyklos veiklos metų suformuotas darbštus, iniciatyvus, siekiantis inovacijų, aukštų mokinių mokymosi ir elgesio standartų kolektyvas.
2016–2017 mokslo metais žurnale „Reitingai“ paskelbta, kad mūsų, Kalnėnų pagrindinė mokykla, pagal olimpiadų rezultatus yra 11 vietoje tarp visų respublikos pagrindinių mokyklų.

Daug metų mokyklinis varpelis mokinius kvietė į Mažeikių Kalnėnų pagrindinę mokyklą, tačiau gyvenimas atnešė permainas.

    2019 m. gegužės 31 d. Mažeikių rajono savivaldybės taryba priėmė sprendimą dėl Mažeikių Kalnėnų pagrindinės mokyklos: pertvarkyti iki 2019 m. rugpjūčio 30 d. Mažeikių Kalnėnų pagrindinės mokyklos struktūrą, pakeičiant bendrojo ugdymo pagrindinės mokyklos tipą į bendrojo ugdymo mokyklos progimnazijos tipą, tęsiant pagrindinio ugdymo programos pirmosios dalies, priešmokyklinio ir pradinio ugdymo programų vykdymą; pakeisti Mažeikių Kalnėnų pagrindinės mokyklos pavadinimą ir nuo 2019 m. rugsėjo 1 d. vadinti Mažeikių Kalnėnų progimnazija.